無塵車間在使用的過程中需要做好潔凈度管理，嚴格執行無菌操作，防止微生物污染，還需要對車間內設置緩沖間及風淋室，保證室內溫度及濕度的控制，車間內，不可以堆放雜物，以防污染。

無塵室潔凈度管理

　　1.無塵車間凈化工程嚴格執行無菌操作，防止微生物污染；操作人員進入室內前應先關掉紫外燈。

　　2.凈化工程應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在20-24℃，濕度保持在45-60%。超凈臺潔凈度應達到100級。

　　3.潔凈室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。嚴防一切滅菌器材和培養基污染，已污染者應停止使用。

　　4.潔凈室竣工驗收階段的檢測宜在空態下進行；功能驗收階段的檢測宜在空態或靜態下進行，由建設單位負責，并由具有相應檢測資質的第三方進行檢測，設計、施工單位要相互配合；使用驗收階段的檢測宜在動態下進行，由建設單位負責，可由具有相應檢測資質的第三方或由建設單位與第三方共同進行測試，設計、施工單位要相互配合。

　　5.潔凈工程施工完成后應進行工程驗收，劃分為竣工驗收、功能驗收、使用驗收，以確認各項性能參數符合設計、使用和相關標準規范的要求。